集美大学水产学院的前身是厦门水产学院，系1972年上海水产学院南迁厦门而成立。1994年10月，集美学村原五所高校合并成立集美大学，厦门水产学院也并入集美大学，更名为集美大学水产学院。
学院现有水产博士后科研流动站，水产一级学科博士学位授予点，水产和生物学2个一级学科硕士学位授予点，渔业发展、生物与医药2个专业硕士学位授予点，水产养殖学、动物科学、海洋渔业科学与技术和水生动物医学等4个本科专业，形成了教育层次完备的人才培养体系。
目前学院形成了七个具有特色和优势的研究方向：
1.水产养殖学：主要开展区域特色和优势水产种类的良种选育、种苗培育和健康养殖技术等研究，在坛紫菜、大黄鱼、鳗鲡和鲍等水产动物的高效健康养殖和种苗繁育研究处于国内先进水平；
2.水产生物遗传与育种学：主要开展区域重要水产养殖动植物的遗传改良和性别控制技术，以及相关遗传学基础研究，在海水鱼虾贝藻，特别是大黄鱼、黄姑鱼、坛紫菜的遗传改良技术和成果居国内领先水平；
3.水产基础生物学：主要开展水产经济动植物的生殖生理、应激生理、发育生物学等基础研究，在拟穴青蟹、大黄鱼和鲍等水产动物的发育、变态、生殖调控和抗逆的分子机制研究取得了重要科研成果；
4.水产生物医学：主要开展区域特色水产养殖动物的病害基础理论研究和防治技术开发，在水产动物抗感染免疫和病原菌致病机理等研究成果显著；
5.水产动物营养与饲料学：主要开展区域特色水产动物营养生理学研究和高效水产饲料技术开发，在大黄鱼、石斑鱼、花鲈和对虾营养研究，以及高效环保配合饲料研发具有特色；
6.渔业资源学：主要开展渔业资源调查与评估、海洋环境监测与评价，以及种群分子生态学研究，在渔业主要利用对象的生物学特性及其与生态环境因子的相互依存关系，生物多样性保护，以及渔业资源的可持续利用等取得了丰硕成果；
7.水产品加工：主要开展区域特色水产品深加工和高效利用研究，在海洋动物蛋白酶应用基础、天然牛磺酸等海洋贝类活性物质制备、藻类精深加工、食品级蛋白膜和鱼糜制品生产技术等等达到国内领先水平。
